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磁控濺射的作業原理是指電子在電場E的效果下，在飛向基片進程中與氬原子發生磕碰，使其電離發生出Ar正離子和新的電子；新電子飛向基片，Ar離子在電場效果下加速飛向陰靶，并以高能量炮擊靶外表，使靶材發生濺射。在濺射粒子中，中性的靶原子或分子堆積在基片上形成薄膜，而發生的二次電子會遭到電場和磁場效果，發生E（電場）×B（磁場）所指的方向漂移，簡稱E×B漂移，其運動軌跡近似于一條擺線。若為環形磁場，則電子就以近似擺線方式在靶外表做圓周運動，它們的運動路徑不只很長，而且被束縛在靠近靶外表的等離子體區域內，并且在該區域中電離出很多的Ar 來炮擊靶材，從而實現了高的堆積速率。跟著磕碰次數的增加，二次電子的能量消耗殆盡，逐漸遠離靶外表，并在電場E的效果下終堆積在基片上。由于該電子的能量很低，傳遞給基片的能量很小，致使基片溫升較低。
磁控濺射是入射粒子和靶的磕碰進程。入射粒子在靶中經歷復雜的散射進程，和靶原子磕碰，把部分動量傳給靶原子，此靶原子又和其他靶原子磕碰，形成級聯進程。在這種級聯進程中某些外表鄰近的靶原子取得向外運動的足夠動量，脫離靶被濺射出來。
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