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磁控濺射的工作原理是指電子在電場E的效果下，在飛向基片進程中與氬原子發生磕碰，使其電離發生出Ar正離子和新的電子；新電子飛向基片，Ar離子在電場效果下加速飛向陰靶，并以高能量炮擊靶外表，使靶材發生濺射。在濺射粒子中，中性的靶原子或分子沉積在基片上構成薄膜，而發生的二次電子會遭到電場和磁場效果，發生E（電場）×B（磁場）所指的方向漂移，簡稱E×B漂移，其運動軌跡近似于一條擺線。若為環形磁場，則電子就以近似擺線形式在靶外表做圓周運動，它們的運動路徑不僅很長，而且被捆綁在接近靶外表的等離子體區域內，并且在該區域中電離出很多的Ar 來炮擊靶材，然后實現了高的沉積速率。隨著磕碰次數的增加，二次電子的能量消耗殆盡，逐步遠離靶外表，并在電場E的效果下終沉積在基片上。由于該電子的能量很低，傳遞給基片的能量很小，致使基片溫升較低。
磁控濺射是入射粒子和靶的磕碰進程。入射粒子在靶中經歷雜亂的散射進程，和靶原子磕碰，把部分動量傳給靶原子，此靶原子又和其他靶原子磕碰，構成級聯進程。在這種級聯進程中某些外表附近的靶原子獲得向外運動的足夠動量，離開靶被濺射出來。
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